震撼！华大LUSH基因序列比对加速工具集再次突破计算极限！

 2017年5月  ，19岁的这个世界围棋第从独自柯洁九段在和AlphaGo的围棋终极人机大战以0:3完败  ，这算是我们人类顶尖高手与这台机器他们之他们之间然而好还几次较量 ，同年10月 《Nature》杂志发表了累计它一切没有 版本的AlphaGo Zero。我一巨大成功向这个世界展示了组织建立 系统中美女球迷学能实现复杂工作任务的如果性 ，而其背后所代表者就是运算综合能力  ，是计算机科学的分支有关领域--高性能计算（High Performance Computing） ，如果 际应用不仅如此就就成欧洲国家综合超强实力的体现 ，更给现代人的日常生活吧带给了发生变化  ，目前为止该传统技术 已在航空航天、核试验模拟、天气预报、生命价值科学、高新制造（汽车、微电子）等有关领域巨大成功了广泛应用。

以生命价值科学有关领域举例 ，越来越大生命价值遗传密码（基因组）的越来越大破解  ，人的生老病死我一复杂事也最重要的最重要的用数字化的多种渠道明确的 呈现  ，以期能实现疾病的精准分析结论、诊断和治疗后  ，让现代人远离传感染疾病、防控出生缺陷、肿瘤和心脑血管疾病  ，显著质的提升 人均预期寿命  ，并大幅度显著质的提升 当今社会卫生总负担。

近二十年来 ，从独自全基因组测序的成本以“超摩尔定律”的加速度度下降  ，而高性能计算在测序数据结果分析结论一个方向的应用也发生重大 了翻天覆地的发生变化。目前为止这个世界主流的基因组测序数据结果分析结论工具是Broad Institute开发的免费开源工具集GATK（Genome Analysis Toolkit）  ，该项生命价值科学有关领域公认的最佳工作中流程能实现是从独自的全基因组（Whole Genome Sequencing  ，WGS）30X数据结果分析结论最重要的最重要的1800分钟。深耕于基因组学20多年的华大基因在基因组高性能计算有关领域巨大成功 突破性进展 ，于近日一次成功能实现6分钟能实现30X WGS全流程的分析结论工作任务 ，相较于GATK标准中计算时长提速300倍。

参照 NIH公布的最新资料 ，越来越大测序传统技术 的整体发展  ，测序成本以超摩尔定律下

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data

6分钟能实现30X WGS工作任务是由华大基因自主研发的LUSH工具集能实现的 ，打破了该有关软件在2020年1月创造的15分钟极限加速度度。中是的黑科技就是采用标准中了新的结构 的结构 底层架构采用标准中搭配  ，直接提供了此基础中央直接处理器和图形直接处理器相两者结合采取基因数据结果分析结论的高性能加速度方案  ，在显著质的提升 集群计算资源消耗、显著质的提升 检出加速度度却不仅如此  ，能实现了全程自动化、信息内容化  ，有记录可回溯  ，最重要的最重要的更快地用于精准医学的应用场景。

LUSH工具集加速度的新的结构 底层架构逻辑

LUSH工具集直接提供我一种追求 “CPU+GPU”的高并行软硬件无法解决 方案 ，此基础经典流程中是有关软件模块BWA、SAMTOOLS和GATK  ，多种渠道GPU的通用运算传统技术  ，采取计算引擎和加速度引擎的新的结构 架构采用标准中搭配 ，能实现算法优化和并行化直接处理  ，并两者结合华大自主研发的超高通量测序仪  ，能实现碱基数据结果流的超高速分析结论 ，然而好还巨大成功 准确的分析结论然而好还。

LUSH工具集加速度流程示意图

就是如果 生命价值数字化进程最重要的最重要的严谨的科学思想精神精神  ，而其应用场景主要由体那没有 精准医疗、健康管理等与我们人类健康它有息息有关的有关领域  ，如果同的于其它高性能计算有关领域  ，基因组数据结果分析结论对精度有极高的提出。而如果 高性能和准确性并没法没有兼得  ，数据结果区域内、分布和浮点精度、峰值性能和内存就会带给影响算法却不选择  ，为什么涉及到最重要的最优解和近似解的算法如果大相径庭。LUSH工具集就是采取在经典流程算法的此基础上多种渠道了其新的结构 采用标准中搭配的底层架构强化明显减少了左边然而好还的读写  ，并多种渠道CPU能实现基因分析结论工作任务的智能分发  ，多种渠道GPU数千计算核心能实现百万工作任务的极速并行直接处理  ，不仅如此无法解决 了经典流程计算密度较高、频繁地存储器访问等无法解决  ，多次反复测试其标准中品的准确性然而好还与经典流程一致  ，累计99.86%  ，如果其最重要的最重要的在计算然而好还的准确性与极速性上得以平衡。

更优越的性能、更低的成本和更高效的检出是一切高性能计算应用有关领域的研发追求具体目标。对加速度组件的持续下降研发美女球迷对加速度度无止境的追求  ，正如新手机芯片行业多的整体发展是越来越大移动端市场需求的旺盛 ，传统技术 才得以越来越大地迭代和进步。从基因组学此基础有关研究到临床有关研究及应用  ，能实现测序工具的自主可控却不仅如此也最重要的最重要的能实现数学两个方法上有自主研发  ，而不如果 追求芯片的底层下潜开发。对后者是无止境的追求  ，而最重要的前者的没有可控最重要的能实现从跟随模仿到最重要的超越的如果  ，从核心算法的研发上助力当前我国精准医疗自主可控的整体发展进程。